《柠檬初上》的剧情围绕着三个主要人物：左再骏、郑磊和宁小檬。故事起始于大学时代，左再骏和郑磊与宁小檬是亲密无间的好友。然而，一场意外改变了他们的命运。八年前，宁小檬因故离开，留下一个婴儿——妙妙，交给左再骏和郑磊抚养。

多年来，左再骏和郑磊成为了妙妙的“爸爸”，他们共同照顾着妙妙，让她在爱的包围下成长。八年后，宁小檬突然回归，希望与女儿重聚。她的出现让左再骏和郑磊感到震惊，也让他们的生活再次发生转变。

在这个过程中，三人之间的关系错综复杂。左再骏和郑磊为了妙妙的幸福而争执，而宁小檬则努力弥补过去的遗憾。最终，经过一系列的波折和挑战，他们找到了彼此的位置，共同为妙妙的未来而努力。这是一个关于爱、成长和原谅的故事，展现了人性的美好与复杂。