《世纪末超自然学院》是一部以1999年为背景的日本动漫。剧情设定在一个名为“超自然设计师学院”的庞大私立学校中，这里因频繁发生超自然事件而备受关注。新任校长神代玛雅，对超自然力量持怀疑态度，她接任校长的目的是为了调查父亲离世的真相。在学院中，玛雅邂逅了来自2012年的神秘男子内田文明，他的出现打破了时空的界限，也为学院带来了更多未知的超自然谜团。

随着剧情的发展，玛雅和内田不断遭遇各种奇异现象，他们逐步揭开了一个关于“诺斯特拉达缪斯之匙”的秘密。这把钥匙与1999年的世界末日预言及2012年的外星人入侵紧密相连。为了阻止灾难的发生，玛雅和内田必须联手面对学院内的超自然力量，并揭示隐藏在其中的真相。