《罪恶王冠》的剧情发生在2029年的日本，天启病毒（Apocalypse Virus）的爆发导致国家陷入混乱，政府形同虚设，取而代之的是超国家组织GHQ的全面接管。东京的六本木被封锁，人们生活在无政府状态下，直到名为“Lost Christmas”的事件后，日本表面上获得了自治权，但实则失去了独立国家的实质权力。

故事围绕平凡高中生樱满集展开，他因偶遇“葬仪社”成员楪祈，命运发生剧变。葬仪社以夺回日本自治权为目标，与GHQ进行斗争。樱满集在首领恙神涯的引导下，成为葬仪社的一员，结识了筱宫绫濑、鸫等人。随着战斗升级，樱满集发现自己拥有神秘力量，即取出虚空（Void）的能力。

剧情后半段，反叛军掌权，葬仪社解散，樱满集因“王之力”成为众人首领，但新政府拒绝提供补给，逐步缩小包围圈。樱满集经历重重磨难，最终与真名复活后的力量斗争，夺回楪祈，但楪祈为防止病毒再次扩散，吸收所有人的病灶后牺牲。整部动漫剧情跌宕起伏，充满了科幻与情感的交织。