《大明天子》以明朝初年为背景，深入描绘了宫廷的权谋与爱恨交织。朱元璋晚年，太子朱标因病早逝，其妻徐妙云新婚之夜便守寡。朱元璋欲立文武双全的燕王朱棣为皇储，却遭群臣反对，最终选择了皇孙朱允炆。朱允炆即位后，对各地藩王进行削藩，引发燕王朱棣的反抗。

朱棣与朱允炆，两位同室操戈的兄弟，都深爱着徐妙云。徐妙云心中却只有朱棣。随着靖难之役的爆发，京城被围，徐妙云与两位大明天子各有一段情感纠葛。然而，在逃难途中，徐妙云发现自己身怀有孕，却因无法确认孩子的父亲而陷入绝望。

最终，徐妙云选择了跳入长江，结束了自己的生命，留下两位深爱她的天子无尽的哀思。建文帝朱允炆万念俱灰，削发为僧，四处流浪。而朱棣则在登上帝位后，营建了紫禁城，派遣郑和下西洋，成就了一代永乐大帝的传奇。