《通灵姐妹》的剧情非常独特，充满了神秘和惊悚的元素。故事发生在一个古老的渔村，村中有一个传说，说有一对姐妹拥有通灵的能力，可以与死者交流。这对姐妹，一个名叫小玲（林心如饰），一个叫小翠（霍思燕饰），从小就拥有这种神秘的能力。

小玲在一天晚上无意间发现，她们的通灵能力似乎与村中发生的一系列神秘事件有关。有人接连失踪，一些人被发现昏迷在海滩上，而他们的身上都留有奇怪的印记。小玲和小翠通过与死者交流，逐渐揭开了这个渔村的秘密。

原来，这个渔村曾经是一个古老的神秘教派的所在地，这个教派崇拜海洋之神，认为海洋之神可以赋予他们通灵的能力。然而，这个教派最终因为内部纷争而灭亡，但他们的信仰并没有消失。

小玲和小翠发现，那些失踪的人都是被教派的残余分子绑架的，他们企图利用通灵能力开启海洋之神的封印，以获得无尽的力量。为了拯救被绑架的人，揭开这个神秘的教派，小玲和小翠踏上了寻找真相的旅程。

在这个旅程中，她们不断使用她们的通灵能力，解开了许多古老的谜团，也揭示了那个神秘教派的真正目的。