《水下罪案搜查班》剧情围绕着一个专门负责水下罪案搜查的特别组织DCU（Deep Crime Unit）展开。DCU不仅负责传统的海上水域搜查，还深入警察难以触及的危险河川和湖泊进行潜水搜查。在这个团队中，既有经验丰富的搜查队长，也有海保精英和女性潜水员等多样化成员。

故事的核心事件是由于一场大型台风过后，水坝湖内的水流发生变化，暴露出了一具头骸骨碎片。面对这一线索，DCU团队深入水深达100米的水底进行搜查。在漆黑幽深的水下，他们发现了意想不到的证据和线索，这些发现逐渐揭示了一连串复杂且扑朔迷离的罪案。随着搜查的深入，隐藏在平静水面下的罪恶逐渐浮出水面，而DCU团队也面临着前所未有的挑战和危险。整个剧情紧张刺激，充满悬疑色彩，展现了水下罪案搜查的艰辛与复杂。