《水果宝贝之水果总动员》的剧情发生在一个名为水果村的神秘村落，这里居住着各种水果，它们过着宁静而快乐的生活。一天，桃老师在课堂上讲述了三十年前恶虫侵袭水果村的历史，这引起了小橘子吉星的兴趣。吉星一直梦想成为水果英雄，他对恶虫的存在感到兴奋，决定和朋友们一起进入森林寻找恶虫。

在森林中，吉星果然发现了恶虫的踪迹，并在朋友们的帮助下成功击败了它们。然而，这只是开始，恶虫们卷土重来，对水果村发动了更为猛烈的攻击。为了保卫家园，水果们开始筑起围墙，但恶虫们依然找到了突破口。

在战斗中，一头神秘的大怪兽也突然出现在水果村，让水果们腹背受敌。面对双重威胁，吉星凭借自己的智慧和勇气，最终找到了化解危机的方法，成功拯救了水果村，成为了真正的水果英雄。