《海贼王剧场版3：珍兽岛的乔巴王国》的剧情围绕着草帽海贼团的冒险展开。在航行的途中，娜美偶然获得了一张指向珍兽岛的地图，传说中岛上藏有神秘宝物。一行人决定前往探险，却意外遭遇了海底火山爆发，将一座小岛——珍兽岛，围了起来。混乱中，乔巴意外从船上飞出，落在了岛上。

珍兽岛是一个动物的天堂，岛上的居民在已故前任王的领导下过着和平快乐的生活。乔巴的到来被岛上的动物们误认为是新任王的降临，他被迫暂时承担起王的职责。然而，与此同时，一个邪恶势力也盯上了岛上的麒麟角，意图用它来实现自己的野心。为了保护岛上的动物和传说中的宝物，乔巴与草帽海贼团一起，与邪恶势力展开了激烈的战斗。