《良医第二季》的剧情深入展现了一位独特的外科医生肖恩·墨菲的生活与工作。患有自闭症和学者综合症的肖恩，在圣文德医院的外科病房中，用他超凡的医学才能一次次挽救生命。尽管他难以与常人建立顺畅的交流，但他的空间感、洞察力和记忆力却为复杂的手术提供了关键帮助。

在第二季中，肖恩不仅要面对各种棘手的医疗案例，还要处理与同事之间的复杂关系。他在工作中不断证明自己，用实际行动赢得了同事们的认可。同时，他的个人生活也经历了起伏，与莉亚的友谊、与格拉斯曼医生的师徒情谊，以及面对生活中的得与失，都使肖恩逐渐成长为一个更加成熟和坚定的医生。