《命运之夜——天之杯Ⅰ：恶兆之花》的剧情设定在“圣杯战争”十年后的冬木市。这个城市再次被不安与纷争笼罩，人们为了争夺能实现所有愿望的圣杯而展开激烈的战斗。前代战争的参与者卫宫切嗣的养子，卫宫士郎，决心继承遗志，投身于这场新的纷争之中。

在士郎的身边，一直有一位默默支持他的少女——间桐樱。她每日为士郎打扫房间，制作料理，两人共同度过了一段温馨而平静的时光。然而，随着战争的爆发，城市的安宁被打破，凶杀案频发，樱的安危成为了士郎最大的牵挂。

士郎召唤出了从者Saber，并与正统魔术师远坂凛结盟，共同面对这场混乱的战争。然而，暗中的诡计让局势更加复杂，战争逐渐陷入混乱。士郎能否在这场混战中保护他所珍视的一切，成为了影片最大的悬念。