《坠落JK与废人老师第二课》的剧情延续了前作的情感纠葛。在这部电视剧中，观众将再次见证“废人教师”灰叶仁与成绩优秀但内心消极的女高中生落合扇言之间微妙的关系发展。

一年后，两人在学校的课题合作中逐渐深入了解彼此，彼此间的吸引也愈发明显。灰叶仁的颓废与扇言的消极在相互的陪伴中逐渐找到了共鸣，也让他们开始反思自己的生活态度。

随着剧情的推进，两人的“原点”被一层层揭开，他们开始勇敢地面对自己的过去，努力寻找属于自己的未来。在这个过程中，他们不仅治愈了彼此，也治愈了自己，最终共同走向了一个更加积极、更加光明的未来。