《少年特工科迪》的剧情发生在一个看似普通的高中校园内。科迪·班克斯，一个17岁的平凡高中生，却隐藏着不为人知的身份——他是一名由中央情报局精心培养的少年特工。科迪精通飙车、爆破，并能熟练操纵各种高科技武器。

某天，科迪接到了他的首个任务：接近学校里最受欢迎的女孩娜塔丽。这并非一场简单的校园恋爱游戏，而是因为他必须调查娜塔丽的科学家父亲，后者被怀疑在秘密研究一种足以毁灭整个星球的先进武器。

科迪在接近娜塔丽的过程中，不仅要应对自己的青涩和害羞，还要运用他的特工技能，以及聪明才智，来阻止这个疯狂的恐怖计划。在这个过程中，科迪不仅完成了任务，还赢得了娜塔丽的芳心，成为了一个真正的英雄。