《斗转乾坤》的剧情设定在遥远的神话时代，围绕孙悟空的失踪和六耳猕猴焱耳的野心展开。焱耳野心勃勃，意图通过盗取时间之力成为三界的新主宰。然而，他的野心却被一股神秘的力量所察觉，这股力量来自未来的神女女魃。

女魃穿越回过去，试图阻止焱耳的阴谋。在这个过程中，她遇到了寻找孙悟空下落的青年格苏。两人结成了同盟，共同调查孙悟空失踪的真相。随着调查的深入，他们发现孙悟空的失踪与暗菩提的阴谋有关，暗菩提企图突破封印，重新掌控三界。

在一场惊心动魄的冒险中，格苏和女魃最终揭示了真相，并成功阻止了暗菩提的阴谋。焱耳也在这场斗争中被感化，放弃了他的野心。最终，格苏成为了真正的英雄，守护着三界的和平与安宁。