《卧底丑闻》以英国警方的秘密行动为背景，剧情围绕主人公玛雅展开。玛雅是英国历史上级别最高的黑人女性检察官，她的生活看似光鲜亮丽，实则暗藏危机。在一次偶然的机会下，玛雅发现丈夫尼克多年来一直在欺骗她，他并非她所知的普通人，而是一名卧底警察，一直利用假身份与她保持亲密关系，暗中监视她及她工作的组织。

同时，剧情也引入了另一条线索，玛雅决定帮助一名被冤枉的死刑犯讨回公道。这名死刑犯在死囚牢里度过了二十年，他坚称自己是无辜的，玛雅看到了他的冤屈，决定挺身而出，为他洗清罪名。

整部剧充满了悬疑和转折，展现了人性中的善与恶、信任与背叛，同时也揭示了社会现实中的种种问题。