《与你一起绽放 新选组青春录》以日本幕末时期为背景，讲述了两位年轻武士的成长与抉择。深草丘十郎，因父亲被长州藩士杀害，决心加入新选组磨练剑术，寻求复仇之路。在入伍考试中，他结识了冷酷而剑术高超的少年大作，两人迅速成为挚友。

随着剧情的推进，两人一同经历了新选组的种种挑战和考验，从最初的生疏到后来的默契配合，他们共同面对了时代的动荡与变革。然而，随着历史车轮的滚滚向前，两人也不得不面对各自的选择与牺牲，他们的友情在时代的洪流中经历了重重考验。

最终，丘十郎和大作在时代的巨浪中各自绽放，书写了属于他们的青春篇章。