《杀手寓言动画版》的剧情设定在一个充满阴谋与暗杀的现代都市。主角是一位被誉为“寓言”的天才杀手，他自幼接受严格的训练，拥有在六秒内解决任何敌人的超凡能力。然而，随着故事的展开，他被组织高层命令在大阪隐居一年，期间不得杀害任何人，必须过上普通人的生活。

在大阪，他化名为佐藤明，开始尝试融入这个全新的环境。他遇到了形形色色的人，包括伪装成自己妹妹的拍档佐藤洋子，以及一位普通女性清水岬。尽管他努力保持低调，但潜藏在平静日常下的危机却逐渐浮出水面。

随着剧情的深入，“寓言”不仅要在保持身份不被发现的同时，还要应对那些试图挑战他能力的敌人。他的停工生活充满了挑战和未知，而他也将在这个过程中逐渐展现出他既帅气又滑稽，还有些古怪的个性。