《魔法科高校的劣等生第三季》的剧情延续前两季的设定，故事发生在魔法成为现实技术一个世纪后的世界。国立魔法大学附属第一高中，即“第一高中”，迎来了一对特别的兄妹——哥哥达也是因致命缺陷而被视为劣等生的魔术师，而妹妹深雪则是完美无缺的优等生。

在新的一季中，兄妹俩的生活再次被波澜起伏的事件所包围。他们不仅要面对政治结社《布兰施》的袭击，还需应对来自国际犯罪集团《无头龙》的干预，以及大亚联合军对横滨的侵攻。此外，一种能够侵蚀人类精神的魔物“寄生虫”的出现，更是给他们的生活带来了前所未有的挑战。

在这一连串的冒险中，达也和深雪不仅加深了彼此之间的羁绊，也逐步揭示了隐藏在校园背后的种种阴谋与秘密。他们的每一次战斗，都是对自我与命运的挑战，也是对友情与亲情的考验。