《动态漫画·我的弟子都超神第二季》的剧情紧接前季，描绘了一个充满奇幻与冒险的世界。三万年前，妖魔入侵人类世界，如今它们已占据七成领土，人类皇朝岌岌可危。在这个危机四伏的时刻，程序员叶阳意外带着游戏公司的满级账号穿越到这个世界，并被托付成为宗门门主。

叶阳肩负着振兴宗门、夺回人类领地的重任。他一边广招弟子，传授技艺，壮大宗门实力；一边策划从妖魔手中夺回失地。在他的悉心指导下，宗门弟子们逐渐成长为强大的修行者，共同面对妖魔的威胁。

与此同时，被前掌门囚禁的妖狐九尾也在暗中策划逃离宗门，为故事增添了更多变数。叶阳和他的弟子们将面临怎样的挑战，能否成功拯救世界，一切尽在《动态漫画·我的弟子都超神第二季》中揭晓。