在神秘的海洋世界中，海底小纵队再次启程，这次他们的目的地是美丽而危险的大堡礁。小纵队成员们——勇敢的巴纳克斯、聪明的帕索、机械天才塔尼、可爱的皮索以及勇敢的生物学家基索，驾驶着他们的潜水艇冒险深入这片未知的海域。

大堡礁的美景令人叹为观止，但这里也隐藏着许多挑战。小纵队在探索中遇到了各种奇特的海洋生物，还发现了一个神秘的沉船。在调查沉船的过程中，他们意外发现了一伙不法分子正在策划对大堡礁的破坏。为了保护这片珍贵的海洋生态，海底小纵队决定挺身而出，与不法分子展开一场斗智斗勇的较量。

在激烈的战斗中，小纵队成员们各显神通，凭借着他们的智慧和勇气，成功挫败了不法分子的阴谋。最终，大堡礁的和平与美丽得以保全，海底小纵队也再次证明了他们是海洋最勇敢的守护者。