《金光御九界之墨邪录》的剧情围绕着千年魔劫的再度降临而展开。元邪皇，这位横跨一千多年重生的魔世霸主，曾在玄朝时期率众侵略人界，后被初祖达摩击杀，分散成各种遗物存世。最终，他藉由酆都月的力量重新汇聚，穿越千年时空再次降临。重生后的元邪皇迅速统一魔世，并窃取九界地气，伺机重返人界，意图重现千年前的灾劫。

此时，史艳文长子史精忠，即百武会领导者暨武林盟主俏如来，已承接止戈流剑印与墨狂，成为新任墨家钜子。面对元邪皇的威胁，他与众人联手，经历重重考验，最终成功诛杀元邪皇。然而，魔世的威胁并未完全消除，墨家九算的浮现以及佛国地门之祸接踵而至。

在此期间，修罗国度策君公子开明、魔世幽暗联盟三大剑客之一的玄狐等角色也相继登场，他们各自拥有不凡的实力与智谋，在抗击魔劫的过程中发挥着重要作用。整个剧情扣人心弦，充满了武侠与奇幻的色彩。