《轩辕剑之汉之云》的剧情设定在东汉末年，战乱频繁。朝云和暮云，这两位由轩辕剑剑气所化的兄弟，在战乱中失散，成年后却意外在战场上重逢，但各自为敌，不知彼此的血缘关系。

朝云，作为飞羽军的勇士，眼见战争给百姓带来的苦难，誓要还百姓一个安居之地。暮云，作为铜雀军的勇士，受到紫衣尊者的利用，与朝云在战场上兵戎相见。

在一次次的交锋中，朝云逐渐发现暮云的真实身份，并在兄弟亲情的感召下，努力拯救暮云于危难之中。两人携手，在苍梧郡主耶亚希的帮助下，历经艰险，终于找到了象征正义的黄帝剑及精神力量，坚定了心中战胜邪恶、保卫和平的信念。

最终，朝云和暮云联手打败了暴虐的淳于越，消除了战火，保一方黎民平安，展现了兄弟情深、共抗外敌的感人故事。