《小小校长》的剧情围绕滨海县实验中学的存亡展开。该校因长期教学成绩不佳，面临停办的危机。最后一学期，无人愿意接任校长一职，教育局王局长无奈下，让初二女生薛小薇临危受命，成为该校的最后一任校长。

小薇虽然年轻，但她凭借纯真、善良和执着的心，勇敢地面对各种挑战。她改革了学校的许多不合理现象，如维修桌椅以省钱、向偏远山区小学捐款、慰问敬老院老人等。她还拒绝购买多余的校服，让辍学的学生重返校园，并公开了学校的财务情况，这一系列行动赢得了师生和家长的认可。

在她的努力下，学校的面貌焕然一新，期末考试也取得了优异的成绩。王局长对小薇的实验性教学表示了肯定，学校因此得以保留。这段经历成为小薇人生中一段美好的回忆，也向社会展示了青少年在困境中能够发挥的积极作用。