电影《东江密令之对手》设定在2016年的中国大陆，其剧情紧凑且充满张力。影片围绕一项关乎国家安全的秘密任务展开。香港民间爱国组织意外得知，日本生化学家龟田一郎正秘密为日本军方研发一批生化武器，并计划将其投入战场，对多国构成严重威胁。

为了阻止这一灾难性后果的发生，一支由队长程亚楠领导的精英纵队迅速行动起来。他们不仅要与时间赛跑，还要与狡猾的龟田一行进行一场智勇双全的较量。在错综复杂的局势中，双方展开了激烈的情报战、心理战以及直接的对抗行动。

影片通过一系列紧张刺激的情节，展现了双方斗智斗勇的全过程。从精心策划的潜入行动，到紧张刺激的正面交锋，再到最终决战中的智慧与勇气较量，每一个环节都扣人心弦，让观众身临其境地感受到了这场关乎国家命运的较量。最终，在程亚楠及其队员的不懈努力下，他们成功阻止了生化武器的研发与投放，捍卫了国家的安全与尊严。